موضوع آسیب‌شناسی دینی نقد بینش و منش و کنش دینداران است و معیارش دین و هدفش اصلاح. در اهمیت آن همین بس که اگر نادیده گرفته شود، خود دین به عنوان آسیب شناخته می‌شود. امّا برای آسیب‌زدایی هیچ راهی کوتاهتر و مطمئن‌تر از گردن نهادن به حکومت عقل نیست. دین سالم در عقل سالم و جامعهٔ عقلانی است. فرد یا جامعه‌ای که عقلانی نباشد، دین را هم تباه می‌کند. یا آن را داروی خواب می‌کند و یا شوکران مرگ.کتاب آسیب‌شناسی دینی، با گواهی آوردن از دو شاهد، یعنی عقل (دین درونی) و دین (عقل بیرونی)، استدلال و استناد می‌کند که دین چیست و شبه‌دین چیست. این اثر عهده‌دار نقد آسیب‌هایی است که دین را تهدید می‌کند؛ از جمله: تعصّب، غلو، ارتجاع، جمود، سبقت از دین، مارقیگری، قدرتگرایی، عوامگرایی، اعتزال اجتماعی‌ـ‌سیاسی، تشبّه به غیر و ماتریالیسم اخلاقی.